DIA定量蛋白質(zhì)組學實驗原理

數(shù)據(jù)非依賴性掃描模式(Data-independent acquisition, DIA)是基于靜電場軌道阱Orbitrap帶來的一項全新的、全息式數(shù)據(jù)非依賴性采集定量技術，是近幾年來發(fā)展的一種新的質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集方式。該技術將傳統(tǒng)蛋白質(zhì)組的高通量和質(zhì)譜絕對定量MRM/PRM的精確定量及高重復性等優(yōu)點集于一體。

通過液質(zhì)聯(lián)用技術（LC-MS/MS）將質(zhì)譜整個全掃描范圍分為若干個窗口，高速、循環(huán)地對每個窗口中的所有離子進行選擇、碎裂及檢測，從而無遺漏、無差異地獲得樣本中所有離子的全部碎片信息；無需指定目標肽段，掃描點數(shù)均勻，利用譜圖庫即可實現(xiàn)定性確證和定量離子篩選，并可實現(xiàn)數(shù)據(jù)回溯。

DIA定量蛋白組學技術流程

DIA定量蛋白質(zhì)組學實驗技術應用

基礎醫(yī)學：疾病標志物，發(fā)病機制，疾病分型等；

生物醫(yī)藥：藥物機理，藥效評價，藥物開發(fā)等；

農(nóng)林畜漁：抗逆脅迫，生長發(fā)育，耐藥，致病機理等。

DIA定量蛋白質(zhì)組學實驗—輝駿服務優(yōu)勢

近十年服務經(jīng)驗，眾多服務案例，服務成果得到優(yōu)秀期刊認可

對蛋白篩選與定量、低豐度蛋白鑒定方面有獨到見解，擅長針對客戶情況提出合適的方案建議

自有分子及細胞生物實驗平臺，能有效制定并執(zhí)行最優(yōu)的實驗路線

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DIA定量蛋白組學實驗服務信息

項目名稱

客戶提供

結果交付

實驗周期

價格

DIA

原始樣本（-80℃保存，干冰運輸）
樣本信息表
分析要求

1、蛋白鑒定結果表
2、蛋白定量結果表
3、生物信息學分析結果
4、質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)
5、DIA實驗報告

5-6周

點擊詢價

DIA定量蛋白質(zhì)組學服務結果示例

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DIA定量蛋白質(zhì)組學實驗—客戶文獻

Bi F.F. et al: METTL9-SLC7A11 axis promotes hepatocellular carcinoma progression through ferroptosis inhibition. Cell Death Discov. 2023. IF=7.
使用技術：DIA全息掃描定量、dia實驗檢測

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Jarrett D. et al:Multiplexed peptide analysis using data-independent acquisition and Skyline.

Nature protocols. 2015, IF=17.021

中文標題：基于數(shù)據(jù)獨立采集和Skyline的多肽分析

運用技術：DIA非標定量蛋白質(zhì)組學

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● 內(nèi)容概述

本研究描述了在Q-Exactive質(zhì)譜儀上使用數(shù)據(jù)獨立采集(DIA)在Skyline靶向蛋白質(zhì)組學環(huán)境下檢測和定量復雜混合物中的多肽。DIA對MS/MS光譜的系統(tǒng)獲取與DDA相反，DDA獲取的MS/MS光譜只適用于鑒定一組隨機采樣的多肽。與選擇性反應監(jiān)測(SRM)類似，可以使用有針對性的色譜提取從DIA數(shù)據(jù)中定量多肽。與SRM不同，數(shù)據(jù)采集不限于預先確定的一組目標肽。在該方案中，使用數(shù)據(jù)依賴采集(DDA)生成光譜庫，并從庫中所有肽的DIA數(shù)據(jù)中提取色譜圖。與SRM類似，DIA數(shù)據(jù)的定量是基于提取的MS/MS色譜圖曲線下的面積。此外，還詳細介紹了一種適用于DIA的基于目標MS/MS采集的質(zhì)量控制方法。

● 方法流程

數(shù)據(jù)獨立獲取(DIA)是一種相對較新的基于質(zhì)譜的技術，用于系統(tǒng)收集串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)。DIA獲取的數(shù)據(jù)集被描述為樣本的“分子快照”，因為該數(shù)據(jù)可以查詢?nèi)魏慰蓹z測到的肽，既可以監(jiān)測多肽的存在，也可以監(jiān)測樣品中多肽豐度的變化。因此，DIA非常適合研究人員需要測量數(shù)百種(或更多)蛋白質(zhì)的應用，或者研究人員希望在不需要獲取額外數(shù)據(jù)集的情況下靈活地研究多個假設的應用。本研究描述了如何使用DIA獲取和分析用于肽分析的質(zhì)譜數(shù)據(jù)。與選擇性反應監(jiān)測(SRM)或平行反應監(jiān)測(PRM)等靶向采集方法相比，DIA的方法設置更簡單，后者需要復雜的程序來測量約50個以上的肽。

DIA幾乎只用于“自下而上”的質(zhì)譜分析，即在分析之前使用蛋白水解酶(例如胰蛋白酶)將蛋白質(zhì)消化成多肽。與完整蛋白質(zhì)相比，合成的多肽降低了理化多樣性，簡化了樣品制備，提高了質(zhì)譜靈敏度(圖1)。消化后，肽通過反相高效液相色譜(RP-HPLC)分離，并通過電噴霧電離(ESI)接口直接發(fā)射到質(zhì)譜儀。在捕集儀器(如Q-Exactive)上，傳輸?shù)劫|(zhì)譜儀的離子在短時間內(nèi)被收集，并通過質(zhì)譜(MS)或串聯(lián)質(zhì)譜(MS/MS)進行分析。

圖片.png

沒有“一刀切”的DIA方法。設計最佳DIA方法的一些關鍵考慮因素是樣品復雜性、色譜條件、所使用的質(zhì)譜儀以及所需的靈敏度。DIA方法的許多參數(shù)可能需要根據(jù)實驗進行調(diào)整。DIA方法的一些關鍵性能特征包括：MS/MS隔離寬度、色譜采樣率、M/Z覆蓋范圍、分辨率、質(zhì)量精度、AGC目標和最大離子注入時間、樣品注射次數(shù)等。

問

蛋白質(zhì)定量DIA和傳統(tǒng)的非標記定量有何優(yōu)勢？

答

傳統(tǒng)的非標記定量一般需要通過分級的方法開展，耗時久、重復性差、數(shù)據(jù)結果可信度不高；蛋白定量DIA技術是新一代非標記定量技術，可通過更優(yōu)的數(shù)據(jù)采集模式，在相同時間采集到更豐富的信息，壓縮周期的同時，大福度提高樣本間平行比較的重復性，數(shù)據(jù)結果可信度極高。